Dalam menyusun RPWP-3-K Pemerintah Daerah mengacu pada RSWP-3-K dan RZWP-3-K. Penyusunan RPWP-3-K dapat dilakukan pada sebagian atau seluruh kawasan pesisir dan pulau-pulau kecil sesuai dengan indikasi program yang telah ditetapkan dalam RZWP-3-K. RPWP-3-K dapat disusun pada masing-masing kawasan, zona atau sub zona dari kawasan pesisir dan pulaupulau kecil, berdasarkan karakteristik biogeofisik dan daya dukung lingkungannya.